Nach der Hinrichtung des Piratenkönigs Gol D. Roger machen sich ganze Heerscharen von Piraten auf die Suche nach dem One Piece.

Der junge Ruffy verlässt sein Heimatdorf und begibt sich auf die Suche nach Mitstreitern, mit dem Ziel sein Versprechen
gegenüber seinem großen Vorbild – dem Roten Shanks – einzulösen, eine starke Piratentruppe zusammenzustellen und König der Piraten zu werden. In seinen ersten Abenteuern bringt er den Schwertkämpfer Zorro, die Navigatorin Nami, den Sohn eines Mannschaftsmitglieds aus Shanks’ Truppe Lysop, sowie den Smutje Sanji dazu, sich ihm zu verpflichten und ihm auf die Grand Line zu folgen.

Gemeinsam helfen Ruffy und seine Freunde, nachdem sie noch den Bordarzt Chopper in ihre Reihen aufgenommen haben, der befreundeten Prinzessin Vivi bei der Rettung ihrer Heimat, dem Königreich Alabasta, ehe sich die Bande mit der sich ihnen im Anschluss an dieses Abenteuer anschließende Nico Robin zur legendären Stadt in den Wolken - Skypia - aufmacht, auf welche die Gruppe aufmerksam wurde, nachdem ihre kleine Karavelle ohne ersichtlichen Grund durch ein vom Himmel herabstürzendes Schiff beinahe versenkt wurde.

Nachdem man unfreiwillig in einen Bürgerkrieg verwickelt wurde, retten erneut Ruffy und seine Freunde das Land vor einem scheinbar übermächtigen Gegner, dem „Gott“ Enel und werden aus Dank von den Bewohnern mit Schätzen aus Gold überhäuft.

Da das Schiff nach den letzten Erlebnissen stark beschädigt wurde, machen sich Ruffy und seine Bande nach ihrer Rückkehr auf die Grand Line auf den Weg zu der berühmten Schiffswerft auf der Insel mit dem Namen „Water Seven“, um das Schiff überholen zu lassen. Dafür will man sogar den riesigen Schatz einsetzen, doch sind die Dockarbeiter der Auffassung, dass das Schiff nicht mehr zu retten sei. Über dies geraten die Freunde Ruffy und Lysop in Streit, was darin endet, dass Lysop aus der Mannschaft austritt. Und da auch Nico Robin verschwindet und sich für ein Attentat auf Eisberg, den Bürgermeister der Stadt und Chef der Docks, verantwortlich zeichnet, scheint die Bande an einem Tiefpunkt angelangt zu sein.

Die Bande will schließlich ihre Kameradin zur Rede stellen und deckt dabei ein Komplott der Weltregierung auf, die hinter den Plänen einer antiken und übermächtigen Waffe her sind, die Eisberg und sein „Bruder“ Franky versteckt hielten. Mittels eines auf dem Wasser fahrenden Zuges folgen sie den Agenten, die ihre Freundin und Franky entführten nach Enies Lobby, der Justizinsel der Weltregierung, auf der Piraten und andere Schwerverbrecher einem Gericht zugeführt werden, das sie unter anderem zu Gefängnisstrafen im Unterwassergefängnis Impel Down verurteilt. Mit ihren Verbündeten erstürmen sie die Insel, welche seit mehreren hundert Jahren als uneinnehmbar galt und befreien die Gefangenen aus den Händen der Weltregierung. Danach kehren sie nach Water Seven zurück, wo ihnen der ebenfalls befreite Franky nicht nur ein neues Schiff mit dem Namen Thousand Sunny baut, sondern sich auch der Mannschaft anschließt, da er nun steckbrieflich gesucht wird.

Auf dem Weg zur nächsten Station, der Fischmenscheninsel, durchquert die Bande mit ihrem neuen Schiff das sogenannte mysteriöse Dreieck, einer Art Bermuda-Dreieck, in dem bereits eine Vielzahl von Schiffen spurlos verschwand. Dort treffen sie auf das riesige, inselgleiche Schiff des Samurais Gecko Moria und ihren neuen Kameraden Brook, einem lebenden Skelett, der sich ihnen anschließt, nachdem Ruffy Gecko Moria bezwungen hat. Der Samurai Bartholomäus Bär, der geschickt wird, um alle Augenzeugen des Vorfalls zu töten, lässt von der Strohhutbande ab, als er sieht, dass sich Ruffys Freunde schützend vor ihn stellen und ihr Leben für ihn aufs Spiel setzen.

Die Gruppe setzt nach einer kurzen Erholungspause den Weg zur Fischmenscheninsel fort und begegnet dabei auf die Meerjungfrau Kamy, die mit ihrem sprechenden Seestern Pappag Ruffy und seiner Crew dabei helfen will, zur Insel zu kommen, die viele Kilometer unter der Wasseroberfläche, am Fuß des einzigen Kontinents Red Line liegt und führt sie nach der Befreiung ihres Freundes Okta zum Sabaody-Archipel. Erneut stolpert die Bande in einen Zwischenfall, als die Meerjungfrau entführt und auf einem Sklavenmarkt verkauft werden soll. Ruffy schlägt aus Wut einen Weltaristokraten nieder, der kurz zuvor Okta niederschoss und ruft mit diesem Frevel eine Offensive der Marine gegen das Archipel hervor, der die Bande nur dadurch entkommt, weil ihnen der erneut urplötzlich erscheindene Samurai Bär mit seinen Fähigkeiten hilft, dabei aber die einzelnen Mitglieder der Mannschaft über die ganze Welt verstreut.

Ruffy landet schließlich auf einer Insel, die von einem Amazonenstamm bewohnt ist, deren Angehörige bislang noch keinen Mann gesehen haben. Nach einigen Streitigkeiten freundet sich Ruffy mit Boa Hancock der Herrscherin der Insel an, die zugleich eine Samurai ist und die für ihre unerreichte Schönheit weltbekannt ist. Von ihrer Ziehmutter Gloriosa erfährt er davon, dass sein Bruder Ace in dem Marine-Gefängnis Impel Down inhaftiert ist und nun dort auf seine Hinrichtung wartet. Er bringt sie dazu, ihn in dieses Gefängnis einzuschleusen und trifft dort auf einige bekannte Gesichter. Auf seinem Weg in die Tiefen des Gefängnisses wird Ruffy allerdings von den Gefängniswachen gestellt und schließlich vom Gefängnisleiter Magellan persönlich schwer verwundet. Sterbend bringt man ihn auf eine Ebene, in der schon viele Gefangene einfach verschwunden sind, und so wird auch er plötzlich verschleppt. In den geheim gehaltenen Zwischenwänden des Gefängnisses hilft ihm eine Drag-Queen mit Namen Emporio Ivankov, die ihm dabei hilft die Vergiftung zu überwinden. Ivankov erfährt, dass Ruffy der Sohn seines Freundes Dragon ist und fühlt sich verpflichtet, ihm bei Aces Befreiung zu helfen. Doch als Ruffy und Ivankov vor Aces Zelle ankommen ist diese bereits leer.

Gemeinsam befreien die beiden neben einem Kameraden von Ace, dem Fischmenschen und Samurai der Meere, Jimbei, der mit ihm eingesperrt war, Ruffys ehemaligen Gegner Sir Crocodile, einen weiteren ehemaligen Samurai. Gemeinsam zetteln die vier eine Revolte an, mit dem Ziel aus dem Gefängnis auszubrechen und Ace hinterher zum geplanten Ort seiner Hinrichtung zu folgen: Das schwer befestigte Marine-Hauptquartier, welches sich bereits gegen einen Angriff von Whitebeards Piratenmannschaft gewappnet hat, zu welcher auch Ace gehörte. Mit dem Ausbruch gelingt Ruffy und seinen Verbündeten schließlich etwas, das vor ihnen nur ein Mensch geschafft hatte. Gemeinsam kapern sie eines der Marine-Kriegsschiffe, die um das Gefängnis herum stationiert sind und verfolgen Ruffys großen Bruder, der wie sich erst jetzt herausstellt, lediglich mit Ruffy zusammen aufgewachsen ist, selbst aber der Sohn von Gol D. Roger ist.

Mit Ace Hinrichtung will die Marine nun ein Zeichen setzen, aber auch Whitebeard und seine Mannschaft anlocken. Die Vernichtung derselben würde der Welt zeigen, dass das große Zeitalter der Piraten, das mit Gold Rogers Hinrichtung vor 22 Jahren begonnen hatte, zu Ende sei. Der Kampf um Aces Befreiung begann bereits mit einem Angriff von Whitebeard, als Ruffy und seine Verbündeten in das Geschehen platzen. Seinem Ziel nahe, schmiedet Ruffy ein Bündnis mit Whitebeard und stürmt daraufhin einfach los.

Mit Hilfe seiner Allianzen (bzw. der heimlichen Hilfe von Boa Hancock, die sich in Ruffy verliebt hat) stürmt Ruffy in Richtung Schaffot und erhält dabei Rückendeckung durch Whitebeards Leute. Doch bei den höheren Marineoffizieren wie den Admirälen und den Vizeadmirälen stösst er auf starken Widerstand. Ihnen gelingt es Ruffy schwer zuzusetzen, doch mit Hilfe der Schiffsärzte von Whitebeard und einer Behandlung mit Heilungshormonen durch Emporio Ivankov schafft es Ruffy zurück auf die Beine und muss mitansehen, wie Großadmiral Senghock den Befehl zur Vollstreckung von Ace' Hinrichtung gibt. Verzweifelt und zornig setzt Ruffy unbewusst sein Haki ein, womit er die Henker sowie die niederen Marinesoldaten ohnmächtig macht und somit Zeit gewinnen kann. Er stürmt weiter zum Schaffott und bekommt von Ivankovs Handlanger Inazuma, der die Scherenfrucht gegessen hat, eine Brücke zu Ace, die allerdings von Garp versperrt wird. Doch Ruffy schlägt ihn von der Brücke (wahrscheinlicher ist es jedoch, dass Garp sich widerstandlos schlagen ließ) und schafft es so zu Ace zu gelangen.

Auf dem Schaffott versucht Ruffy mithilfe des Schlüssels Ace von seinen Ketten zu befreien und wird dabei von Admiral Ki Zaru und Großadmiral Senghock angegriffen. Während Ki Zaru den Schlüssel zu Ace' Handschellen zerstören kann, verwandelt sich Senghock mithilfe seiner Teufelskräfte in eine Art riesigen Buddha und zerstört so das Schaffott. Während des Falls gelingt es Ruffy mit Mr. 3's Wachskräften Ace zu befreien. Gemeinsam bekämpfen er und Ruffy die Marine. Die Mission der Whitebeard-Bande ist damit ein voller Erfolg, doch es gibt keinen Fluchtweg. Whitebeard befiehlt seinen Männern, dass diese um jeden Preis flüchten sollen, damit sie lebend die Neue Welt erreichen. Er deutet damit die Trennung zwischen ihm und seinen "Söhnen" an, da er keinen Platz für sich in der neuen Ära sieht. Es kommt zu einem rührenden Abschied mit Ace, bis Admiral Aka Inu die beiden so stark provoziert, dass Ace ihn angreift. Doch der wird vernichtend geschlagen und seine Vivre Card ist so wie abgebrannt.

Der Schock sitzt tief, selbst Garp, der Ace aufnahm, droht seinem obersten Vorgesetzten damit Aka Inu zu töten, wenn Senghock den Vizeadmiral nicht zurückhält. Aka Inu setzt derweil zum Gnadenstoss an und und wird von den Kommandanten der Whitebeard-Bande und Jimbei aufgehalten. Ace wird in der Zwischenzeit von seinem Adoptivbruder und seinem Kapitän in Sicherheit gebracht, der sich mit seinen letzten Worten bei beiden für deren Liebe und deren Versuch bedankt und in den Armen der unter Tränen stehenden Whitebeard und Ruffy stirbt.

Ace' Tod macht Ruffy so sehr betroffen, dass er auf einmal geistesabwesend ist, während Aka Inu zu einem weiteren Angriff ansetzt. Dieser wird aber von Marco aufgehalten und Whitebeard greift Aka Inu mit einem gewaltigen Schlag an. Der Admiral versucht zu kontern und schafft es mit einer Magmafaust Whitebeards Gesicht schwer zu verwunden, wird aber mit einem weiteren Hieb erledigt, bei dem auch ein Großteil von Marineford schwer beschädigt wird. Die Situation scheint zu eskalieren, als plötzlich auch noch Blackbeard auftaucht.

Blackbeard hat mehrere Gefangene von Impel Down zu seinen Gefolgsleuten gemacht, sein einziger Grund für die Aufnahme zu den Sieben Samurai der Meere, damit er in Ruhe Impel Down betreten darf, der Titel selbst bedeute ihm nichts. Ausserdem provoziert er Whitebeard mit dem Mord an Thatch sowie dem Tod von Ace. Rasend vor Wut erledigt der Kaiser sein ehemaliges Crewmitglied, der trotz seiner Teufelskräfte nichts ausrichten konnte. Blackbeards Bande schiesst aber mehrfach auf den schwerst verwundeten Whitebeard ein, der daraufhin mit dem Ausruf der wahrheitsgetreuen Existenz des One Piece stehend stirbt. Somit hat Blackbeard einen weiteren Teil seines Plans ausgeführt und die Lage verschlimmert sich, als Teach seinen ehemaligen Kapitän mithilfe seiner Teufelskräfte in Finsternis einhüllt und sich so Whitebeards Teufelskräfte einverleibt. Euphorisch bejubelt er einen weiteren Triumph und erklärt der Marine, der Weltregierung und allen Menschen auf der Welt den Krieg.